中国疾病预防控制中心地方病控制中心的前身--中国地方病防治研究中心（以下简称地病中心）是适应地方病防治工作需要，卫生部与黑龙江省政府决定，1987年2月,在哈尔滨正式组建。根据卫生部（1986）卫地字第11号文件《关于建立中国地方病防治研究中心的通知》和1987年9月黑编（1987）132号文件规定，中国地方病防治研究中心按厅级事业单位管理。隶属黑龙江省卫生厅领导，由哈尔滨医科大学代管。1993年5月黑编（1993）72号文件规定，同意中国地方病防治研究中心增挂黑龙江省地方病防治研究中心牌子，原机构规格不变。1996年10月黑编（1996）194号文件规定，同意中国地方病防治研究中心改变隶属关系，改由哈尔滨医科大学领导。
　　2002年1月18日，卫生部下发卫人发[2002]21号文件和2002年5月黑编（2002）77号文件规定，中国地方病防治研究中心更名为中国疾病预防控制中心地方病控制中心。更名后，机构规格、编制数额、经费渠道均不变。业务上受卫生部和中国疾病预防控制中心直接领导。
　　地病中心承担全国地方病防治监测、科学研究、技术咨询、人才培养、健康教育、突发事件处理、信息情报、考核验收、学术交流等工作与任务。设有克山病防治研究所、大骨节病防治研究所、碘缺乏病防治研究所、地氟病防治研究所和《中国地方病学杂志》编辑部，卫生部重点实验室1个、博士后流动站2个、博士点2个。是卫生部地方病专家咨询委员会、全国地方病寄生虫病标准委员会主任委员所在单位,中华医学会地方病学会挂靠单位,卫生部地方病防治专业研究生教育和继续教育基地。现有工程院院士1人，职工总数134人,正高职21人,副高职40人，中级30人，初级29人，工勤人员14人。
　　地病中心现任领导班子成员，党委书记哈尔滨医科大学校长杨宝峰（兼）、主任孙殿军、副主任徐秀玉、主任助理申红梅。
　　地病中心的地方病防治研究工作取得了重大进展,在国内外首次提出了克山病营养性生物地球化学病因学说；揭示了大骨节病病因与T-2毒素的关系；在世界上首次详细描述了大骨节病的空间分布和时间分布；在国内外率先成功复制出接近人类发病特征的大鼠克汀病动物模型；长江三峡燃煤污染型氟中毒病区防治措施研究,获国家科技进步二等奖；系统地研究了饮茶型氟中毒的流行特征、发病机制及除氟方法，制订了国内外首部砖茶氟含量卫生标准；克山病、大骨节病、地氟病的10余年全国监测,所获得的大量调查资料和科研数据,为国家制定有关地方病的政策法规和"十五"期间地方病防治规划与防治策略提供了重要的科学依据；全国5次大规模的碘缺乏病监测,为我国制定碘缺乏病可持续性消除机制提供了基础数据。在2004年启动的我国中央补助地方公共卫生项目地方病防治项目实施过程中,地病中心发挥了重要的技术作用。2007年地病中心又牵头组织了全国10个省份的碘缺乏病高危地区重点调查项目，对重新审视我国碘缺乏病的防治进程和调整防治策略具有重要意义。近年来，地病中心还加强了健康教育和信息系统建设，制作了各种健康教育科普片和宣传材料；建立了地方病年报统计、重点监测和中央补助地方公共卫生项目地方病防治项目的数据库，这些技术举措极大地提高了我国地方病防治工作的功效。
　　由卫生部主管、中华医学会和哈尔滨医科大学地病中心主办的《中国地方病学杂志》先后被国家列为中国自然科学核心期刊、中国生物医学核心期刊、预防医学卫生学类中文核心期刊。2006年期刊影响因子为1.237，在预防医学杂志中名列前茅。中国地方病学杂志从2004年起被美国《化学文摘》和《俄罗斯文摘》收录。
　　地病中心共培养博士研究生40人，硕士研究生43人，研究生课程班3 期，专升本1期， 大专班3期，专业证书班2期，地方病各种培训班45期。
　　地病中心自1987年以来，共完成国家和省部级课题及项目151项，获国家及省部级以上科研成果奖43项；发表专著12册，发表论文600余篇；开展了广泛的学术交流与国际合作,先后同美国、瑞典、加拿大、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家和地区的10余所疾病预防与科研机构建立了良好的学术交流与合作关系。
　　地病中心曾多次被国家及黑龙江省评为地方病防治先进集体。