学校顺利通过黑龙江省“211工程”一期建设项目验收后，着手进行了“211工程”二期建设的规划工作。经过反复讨论修改、学校党委会通过，制定并公布了《哈尔滨医科大学“211工程”二期建设规划》。二期建设规划明确提出了“211工程”二期建设的总体思路、建设任务、重点建设项目、建设资金和保证措施。“十五”期间，学校的学科建设、公共服务体系建设、基础设施建设将在一期建设的基础上有更大的发展。

为了保证“211工程”建设资金及时到位，学校向省政府领导和有关部门多次请示汇报我校“211工程”工作，积极争取项目建设资金。学校组织了“211工程”“十五”建设项目立项申请工作，得到省政府的批准，决定“十五”首期向我校投入一千万元“211工程”专项建设资金。

“十五”期间，学校决定对“211工程”建设采取项目管理的形式，实行项目责任人制。学校组织了各单位、各重点学科申报“211工程”二期建设项目，在对80余个申报项目进行初审的基础上，决定集中优势，建设其中对学校和学科发展起重要作用的重点项目。