学院下设三个研究部门：黑龙江省卫生学研究所、哈尔滨医科大学医学人口研究所、哈尔滨医科大学卫生检验中心。     黑龙江省卫生学研究所下设七个研究室：流行病学研究室、劳动卫生学研究室、环境医学研究室、营养与食品卫生学研究室、儿少卫生学研究室、社会医学研究室和生物传感器研究室。     学院所属六大学科共13个教研室，这些教研室是我院科研工作的生力军，许多国际、国内有重大影响的课题均出自于此。     近些年来，学院加强了基础理论方面的研究工作，同时也注重发展应用基础研究。我院以生命科学理论与技术为前沿，研究环境因素对人群健康的影响及病因流行病学；营养相关疾病的分子发病机理及预防措施；食物中非营养分子生物学效应以及癌的化学预防研究；妇女与儿童卫生保健；卫生事业管理；社区卫生服务模式研究等为特色的研究方向。     我院公共卫生与预防医学重点实验室为黑龙江省普通高等学校首批重点实验室。