学校下设有基础医学学院、公共卫生学院、药学院、卫生管理学院、生物信息系、人文社会科学系、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、五所临床医学院（附属医院）、口腔医学院、护理学院、大庆校区等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院等机构也设在校内。
    办学层次分明。学校为首批试办七年制高等医学教育的院校之一，同南开大学、哈尔滨工业大学联合培养七年制学生。与国外3所院校开展联合办学。学校拥有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学等一级学科博士学位授权点4个；二级学科博士学位授权点41个；二级学科硕士学位授权点49个。本科设有基础医学、临床医学、预防医学、口腔医学、麻醉学、医学影像学、护理学、药学、生物技术、公共事业管理、法学等11个本科专业。现设有公共卫生与预防医学、临床医学、基础医学、生物学、药学等5个博士后科研流动站和临床药（理）学科研工作站、哈医大-中龙企业博士后科研工作站。在校各类全日制学生达10000余人，其中研究生3000余名。
    学科结构合理。学校拥有国家级重点学科1个，省级重点学科（群）32个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，部省级重点实验室6个，省普通高校重点实验室11个。有国家特聘教授岗位学科、省特聘教授岗位学科。
    师资力量雄厚。现有教职工10000余人，老、中、青相结合的人才梯队结构合理。其中，中国工程院院士1名，获南丁格尔奖1人，获中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部“高等学校骨干教师资助计划”优秀骨干教师和骨干教师、国家百千万人才工程第一、二层次人选、吴阶平医学研究奖、保罗·杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人等国家及省的各种资助和奖励70余人次。
    科研成果显著。中国人类基因组计划、实体瘤的细胞遗传学研究、系列性脾保留性手术的基础与临床研究、同种原位心脏移植的实验和临床应用研究、抗心律失常药物作用最佳靶点的研究、大骨节病病因学研究等研究领域取得突破性进展。发挥资源优势，与企业合作，共同组建了哈医大-哈药集团生物医药工程研发中心，以加速医药科技研发及新产品转化，积极引领老工业基地医药产业迅速发展壮大。2000年以来，获国家科技进步二等奖3项、国家自然科学二等奖3项、部省级科研成果奖240余项；承担国家“973”项目、“863”项目、国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目250余项。
    医疗技术领先。学校五所临床医学院（附属医院）均为“三级甲等”医院，其中三所为全国“百佳医院”。平均开放床位共5000余张，年门诊量200万人次，年收住院病人20余万人次。同种异体器官移植成为特色，同种异体劈裂脾移植、同种异体双手移植、同种异体单全臂移植居国际领先水平；同种异体心脏移植患者生存质量居亚洲之首；大肠癌的综合治疗等在国内有较大影响。另有四所非直接隶属的临床医学院，有床位2905张。
    “十五”期间，学校分别获得教育部七年制高等医学教育教学评估、国家自然科学基金委理科基础科学研究和教学人才培养基地评估、教育部本科教学工作水平评估等优秀成绩，学校的办学水平与质量得到广泛赞誉。我校作为国内首家医学院校参加了全球医学教育质量认证试点性评估，36项办学指标全部达到WFME（医学教育全球标准）的基本要求，其中２５项指标达到高质量标准要求，人才培养质量得到了国外专家肯定。学校连续四次被评为全国高等院校思想政治工作先进集体，七次参加全国高校党建工作会议并提供经验材料。先后同美国、日本、俄罗斯、澳大利亚等12个国家和地区的40余所院校建立了友好校际关系并广泛开展交流与合作。主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》等6种专业期刊。校园网并入国家教育科研网。学校图书馆馆藏图书150余万册、期刊4707种、中英文全文电子期刊和图书3.3万册，可提供电子文献检索和网络信息服务。
    学校领导班子和教职员工团结一心，坚持“以本科教育为基础，以学科建设为根本，优先发展研究生教育和长学制医学教育”的办学思想，适应国家和区域医药卫生事业发展及经济建设的需要，积极发挥自身优势，创建培养创造性医学人才和产出高水平科研成果的重要基地，为实现“国内一流、国际有影响的教学研究型医科大学”的目标而努力奋斗，为振兴东北老工业基地做出新的贡献。