微生物（microorganism）是存在于自然界的一群体形微小、结构简单、肉眼看不见，必须藉助光学或电子显微镜放大数百倍、数千倍甚至数万倍才能观察到的微小生物。

微生物按结构、组成可分为三大类，即原核细菌型微生物（细菌、支原体、立克次体、衣原体、螺旋体、放线菌）、真核细菌型微生物（真菌）和非细菌型微生物（病毒）。

微生物学（microbiology）是生命科学的一个重要分支，是研究微生物的类型、分布、形态、结构、代谢、生长繁殖、遗传变异以及与动物、人类、植物等自然界相互关系的科学。

医学微生物学（medical microbiology）是微生物学的一个分支，主要研究与医学有关的病原微生物的生物学特性、感染与免疫的机制和特异性诊断和防治等，以控制和消灭传染性疾病和与之有关的免疫性疾病。是医学基础的重要部分。

细菌在分类上属原核细胞型微生物，是一类具有细胞壁的单细胞微生物，因此一个细菌就是一个细胞。细菌具有相对比较稳定的形态与结构，利用某些实验对其进行检测或鉴定，可以了解并分析细菌的致病性和免疫学特点，也可以指导临床用药以及进行预防消毒。

病毒是一类非细胞型微生物。病毒体积微小，能通过细菌滤器，用光学显微镜看不见，只能借助电子显微镜才能看见；结构简单，只含有一种核酸，RNA或DNA；严格细胞内寄生，只能在一定种类的细胞中增殖。

真菌（Fungus）是一大类具有典型细胞核的真核型微生物。菌体由菌丝和孢子组成的多细菌结构，真菌的菌丝和孢子形态各异，是鉴别真菌的重要标志。

引起疾病的真菌分深部真菌和浅部真菌两种。深部真菌可以侵入组织和器官引起感染，像新型隐球菌性脑膜炎、白色念球菌性鹅口疮等。浅部真菌只侵犯表皮、指甲、毛发等，如表皮癣菌、小孢子菌等。