省部共建:

  1、黑龙江省生物医药工程重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地(批准2003年主任:杨宝峰)
  2、心血管药物研究教育部重点实验(主任:杨宝峰)
  3、心肌缺血教育部重点实验室(批准2008年主任:于波)
  4、肝脾外科教育部重点实验室(批准2009年主任:刘连新)
黑龙江省科技厅:
  1、黑龙江省医学分子生物学重点实验室(批准1999年主任:傅松滨)
  2、黑龙江省肿瘤生物治疗重点实验室(批准1997年主任:庞达)
  3、黑龙江省营养与食品卫生学重点实验室(批准2006年主任:孙长颢)
  4、黑龙江省感染与免疫重点实验室(批准2007年主任:张凤民)
  5、黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室(批准2007年主任:李文志)
卫生部:
  1、卫生部病因流行病学重点实验室(批准1985年主任:孙殿军)
  2、卫生部细胞移植重点实验室(批准2000年主任:周晋)
黑龙江省普通高校:
  1、哈尔滨医科大学医学遗传学重点实验室(批准2002年主任:傅松滨)
  2、哈尔滨医科大学营养与食品卫生学重点实验室(批准2002年主任:孙长颢)
  3、哈尔滨医科大学药物研究重点实验室(批准2002年主任:杜智敏)
  4、哈尔滨医科大学神经外科重点实验室(批准2002年主任:赵世光)
  5、哈尔滨医科大学麻醉基础理论与应用研究重点实验室(批准2002年主任:李文志)
  6、哈尔滨医科大学病因流行病学重点实验室(批准2002年主任:孙殿军)
  7、哈尔滨医科大学医学病原学(BSL-3)重点实验室(批准2003年主任:张凤民)
  8、哈尔滨医科大学肝脾外科重点实验室(批准2006年主任:代文杰)
  9、哈尔滨医科大学移植免疫基础与应用重点实验室(批准2006年主任:于波 教育部待批)
  10、哈尔滨医科大学神经生物重点实验室(批准2006年主任:李呼伦)
  11、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室(建设中2006年主任:朱大岭)
哈尔滨医科大学重点实验室:
  12、哈尔滨医科大学血液与造血系统疾病重点实验室(主任:周晋)
  13、哈尔滨医科大学分子影像学重点实验室(主任:申宝忠)
  14、哈尔滨医科大学肿瘤生物学基础重点实验室(主任:张清媛)
  15、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室(主任:朱大岭)