近期,大庆校区李春权教授课题组在超级增强子转录调控研究领域取得新突破,在生物信息学国际顶级期刊《Briefings in bioinformatics》与《Nucleic Acids Research》上连续发表2篇新成果,科研论文影响因子连创新高。其中,汤治东发表的论文影响因子6分,而姜勇则是首位以哈尔滨医科大学大庆校区为第一作者单位在生物信息学国际顶级期刊上发表影响因子过10的研究生,影响因子高达11.561。
2018年9月,大庆校区生物医学工程硕士研究生汤治东在导师李春权教授的指导下,在著名生命科学期刊《Briefings in bioinform -atics》发表文章并且开发了环状RNA(circRNA)转录调控资源平台(TRCirc:http://www.licpathway.net/TRCirc)。其中涵盖了161个转录因子、92375个circRNA和超过765000条TF-circRNA调控关系对,总共涉及100多个细胞系。同时,TRCirc还提供了一些关于circRNA转录调控的其他信息,包括circRNA的表达、甲基化水平、调控区域的H3K27ac信号以及circRNA相关的超级增强子。TRCirc提供了一个方便,用户友好型的检索工具来详细搜索,浏览以及可视化circRNA的转录调控信息,为进一步研究疾病相关circRNA的转录调控机制以及功能提供借鉴。
2018年10月15日,大庆校区生物医学工程2017级硕士研究生姜勇在导师李春权教授的指导下,在生物信息学国际顶级期刊《Nucleic Acids Research》(IF=11.561)上发表了SCI科研论文,并列一作为2017级硕士研究生钱凤翠。白雪峰老师带领的生物信息数据库开发团队也为本课题研究作出重要贡献。
从2017年下半年开始,姜勇就在李春权教授指导下开展了针对人类超级增强子(Super-Enhancer)全面注释开发的课题研究,于今年7月初高效完成SEdb生物信息资源平台(http://www.licpathway.net/sedb)的建立。
Super-Enhancer(超级增强子)在基因组是强有力基因调控子,它们控制了细胞的状态和特性,研究中发现增强子控制赋予每个细胞特性和功能的大多数关键基因,并且在发育过程中这些超级增强子会特别迅速地发生改变,同时控制细胞身份基因的表达。 Super-Enhancer在关键致癌基因的鉴定、疾病关联变异位点的发现等领域显示出巨大的应用潜力。SEdb生物信息资源库收集了542个样本包含30多万个人类的超级增强子,Super-Enhancer分析的同时获得common SNP、motif changes、eQTL、risk SNPs、TFBSs、DHSs等重要的生物学信息,开发了Gene-SE,SNP-SE,Overlap SE分析工具。SEdb生物信息资源库通过整合NCBI中的SRA、ENCODE、Roadmap、GGR的H3K27AC的原始测序数据,从超过三千个样本中筛选出542套H3K27AC组蛋白乙酰化修饰数据,使用生物信息学系列软件与算法,通过大量计算挖掘得到最全面关于人类的超级增强子SEdb生物信息资源库。
此项研究成果对深入分析人类超级增强子的转录调控及个体医疗识别分子靶标有着重要的意义。
附课题组网址:http://www.licpathway.net/