眼科门诊部与眼科医院同期成立，为省内最大的眼科门诊部，设有20个眼病专科诊室，每天均有知名专家、主任医师、副主任医师、主治医生出诊，满足不同患者的需求；周末设有专家业余门诊。日开设12个诊室，24小时接待急诊患者，节假日不休息。眼科门诊服务范围辐射东北地区及省内地区各类眼病的诊疗任务，年门诊量约25万人次。

门诊拥有国内外一流的仪器检查设备：海德堡荧光血管造影仪(2台)、海德堡光学相干断层扫描议(2台)、法国光太多波长眼底激光治疗仪（1台）、日本佳能眼底照像仪（1台）、德国欧科路干眼分析仪、德国罗兰视觉诱发电位仪、视网膜电图、瑞士Octopus全自动电脑视野计、法国光太眼部超声仪等检查及治疗设备。同时开展干眼门诊的系列治疗及一级及二级门诊手术治疗。

眼科门诊人员队伍强大，共有医护人员30名；师资队伍强大，博士生导师2名，硕士生导师5人，主任医师6人，副主任医师4人，承担眼科学各轨道教学任务，已培育博、硕士研究生50余人，科室人员担任国家级教材主编、副主编；，先后获得国家自然科学基金等各级基10余项；发表学术论文100余篇(SCI 20余篇)；获得专利72项，省政府奖5项，在国内及省内多个学术团体担任学术任职，担任黑龙江省医学会眼科学分会副主任委员，中华眼科杂志副主编、中华实验眼科杂志等多个核心期刊编委。