哈医大一院眼科始建于1949年，是由全国著名的眼科专家石增荣教授创建的，是全国最早的眼科专业学科之一，2002年3月成为哈医大一院眼科医院，2012年9月成为哈尔滨医科大学眼科医学院。医院核定床位数280张，医疗辐射全国各地，在职职工242人，博导10人，硕导38人。

眼科医院是国家临床重点专科建设项目单位、眼科国家临床医学研究中心分中心，眼科新型医疗设备国家地方联合工程研究中心、国家药物临床试验机构。在2014-2019连续6年在复旦发布《专科东北区排名》第1名，2020中国医院影响力眼科排行第5名,2019年中国科技量值眼科排行第13名。拥有黑龙江省眼科基础研究与临床转化重点实验室、中俄医学研究中心眼科研究所、哈尔滨医科大学眼科研究所，是黑龙江省眼科临床医学研究中心、黑龙江省视光学中心、黑龙江省眼库、黑龙江省眼科医疗质量控制中心。