哈尔滨医科大学马克思主义学院成立于2011年，是隶属于学校党委和学校行政领导下的独立的二级机构，承担全校本科生和研究生的思想政治理论课教学和马克思主义理论研究工作，并承担重大理论宣讲任务。学院立足学校近百年红色底蕴，传承了伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神，发扬了中国工农红军卫校“政治坚定、技术优良”的光荣传统，秉承了“木直中绳，博学载医”的校训和“养正弘道、铸魂育人”的院训，成为学校思想政治教育的主阵地和主渠道。学院前身可以追溯到成立于1949年4月的社会科学部。1953年8月，社会科学部成立了教研组。1954年9月社科部改名为马列主义教研部，下设四个教研室。1981年更名为社会科学学部。2002年9月，社科部与德育教研室合并，成立了人文社会科学系，后更名为人文社会科学学院。2008年6月，组建了马克思主义学院。2011年2月11日，黑龙江省教育厅批准成立马克思主义学院。随着党和国家对思想政治理论课的高度重视，马克思主义学院不断展现新的发展面貌，师资队伍不断壮大，影响力不断扩大。2019年，马克思主义学院加入红医精神教育联盟，把思政教育和专业特色更好地结合起来，给思政教学与研究带来新的发展契机。

学院现有办公面积861平方米，其中独栋办公楼501平方米，智慧教室205平方米，三个名师工作室、虚拟仿真项目中心、党建活动中心合计164平方米。各教研室均配备了现代化办公设备，有单独的教师阅览室、学术报告厅、会议室。图书馆现有思政类图书1.6万余册，电子期刊、杂志、党报等4000余种，并设置党建双屏实时更新党政资讯、时政要闻。