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研究生导师

谭仁杰

发布者:  时间:2023-11-14  浏览:

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谭仁杰,博士,研究员,现任哈尔滨医科大学医工交叉学院副院长。具有20年的科学研究及高校管理经验,曾在美国杜克大学及哥伦比亚大学从事科学研究5年。研究方向主要集中在基因组学、人工智能及生物信息学,对细胞与基因治疗等医工交叉前沿领域具有浓厚兴趣。曾独立开发多项基因组学新方法、新管线,实现拷贝数变异的精准识别和筛选,并成功将其应用于孤独症、先心病、肺动脉高压等大规模人群队列研究项目。具有分析解读超过30万的人类基因组大数据(如UK biobankSPARK1000 Genomes Project等)实践经验,发表系列高质量科研学术论文,担任十余家国际学术期刊审稿专家。

学术经历

2023.06——至今        哈尔滨医科大学      医工交叉学院           研究员、副院长

2019.08——2022.11  美国哥伦比亚大学  医学院系统生物学系        博士后

2011.09——2018.01  哈尔滨工业大学     计算机应用技术专业         博士

2012.09——2014.09  美国杜克大学        医学院人类遗传变异中心  联合培养博士研究生

2007.09——2010.06  哈尔滨医科大学    生物医学工程专业             硕士

2001.09——2005.07  黑龙江大学           计算机科学与技术专业      学士

代表性文章

1. Tan R, Shen Y: Accurate in silico confirmation of rare copy number variant calls from exome sequencing data using transfer learning. Nucleic Acids Research 2022.

2. Tan R, Wang J, Wu X, Juan L, Zhang T, Ma R, Zhan Q, Wang T, Jin S, Jiang Q, Wang Y: ERDS-Exome: A Hybrid Approach for Copy Number Variant Detection from Whole-Exome Sequencing Data. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 2020, 17:796-803.

3. Tan R, Wang J, Wu X, Wan G, Wang R, Ma R, Han Z, Zhou W, Jin S, Jiang Q, Wang Y: ERDS-pe: A paired hidden Markov model for copy number variant detection from whole-exome sequencing data. In 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM); 15-18 Dec. 2016. 2016: 141-144.

4. Tan R, Wang Y, Kleinstein SE, Liu Y, Zhu X, Guo H, Jiang Q, Allen AS, Zhu M: An evaluation of copy number variation detection tools from whole-exome sequencing data. Human Mutation 2014, 35:899-907.

5. Jin S*, Tan R*, Jiang Q, Xu L, Peng J, Wang Y, Wang Y: A generalized topological entropy for analyzing the complexity of DNA sequences. PLoS One 2014, 9:e88519.

更多学术文章详见:https://orcid.org/0000-0001-6087-4584

科研项目

1. 国家自然科学基金委员会,面上项目,基因组结构变异衍生的癌症新抗原智能筛选方法研究,2025.1-2028.1250万元,主持

2. 国家自然科学基金委员会,重大项目,肿瘤反应性T细胞受体的智能预测与生成,2025.1-2029.12190万元,子课题负责人

3. 黑龙江省教育厅,黑龙江省省属本科高校优秀青年教师基础研究支持计划,基于外显子组测序数据的全基因组范围拷贝数变异智能筛选方法研究,2024.1-2026.12,主持

4. 黑龙江省人力资源与社会保障厅,黑龙江省博士后科研启动金,2023.10,主持

算法工具

1. CNV-espresso: https://github.com/ShenLab/CNV-Espresso

基于外显子组测序数据的拷贝数变异人工智能筛选工具

2. ERDS-exome: https://erds-exome.github.io

基于外显子组测序数据的拷贝数变异识别工具


如果您对本人学术研究方向感兴趣并有意向致力于该方向的深入研究,热忱期待与我联系。让我们共同探索新机遇,创造新价值!

名:谭仁杰

职称职务研究员

副院长

研究方向:基因组医学

人工智能

生物信息学

E-mail:renjie.tan@hrbmu.edu.cn