中心实验室是国家卫生健康委病因流行病学重点实验室、黑龙江省普通高校病因流行病学重点实验室和黑龙江省微量元素与人类健康重点实验室，也是卫生部/省高校病因流行病学重点实验室下设的实验室中心，其宗旨是为地病中心和学校科研工作和研究生培养服务，为我国地方病科研工作服务，并搭建我国地方病科研工作的平台。

依据病因流行病学重点实验室研究方向，中心实验室主要开展地方病及其相关疾病的病因、发病机制的基础研究工作，研究内容包括微量元素、毒素及生物因素对靶器官损伤的途径和剂量效应关系，及其在体内代谢过程和调控机制。

中心实验室主任由邹宁研究员担任，副主任为李福源副研究员。中心实验室按功能下设12个实验室，分别为清洗消毒室、细胞培养室（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）、分子生物学实验室、PCR室、ICP室、病理准备室、病理制片室、流式细胞仪室、激光共聚焦显微镜室、高效液相色谱室等。