1994年学校成立成人教育处，1995年更名为成人教育学院，1999年成立继续教育学院。学院内设教学管理科、继续教育科、学生管理科、办公室4个科室，作为学校的行政管理部门，负责统管全校的继续医学教育、进修教育、住院医师规范化培训、专科医师规范化培训、高等学历继续教育、高等教育自学考试、有关非学历教育培训，以及全省卫生专业技术人员继续教育知识更新培训等工作。

我校是全国医学院校中最早举办成人高等学历教育本科的院校之一，从1956年3月至1966年5月，招收了五期共975名夜大学学员。“文革”后于1981年恢复招生，开设了夜大学本科临床医学、护理学、基础医学、医学检验学、放射线等专业及专科卫生管理专业；以后陆续开设不同办学形式和办学层次的口腔医学、护理学、预防医学、临床医学、公共事业管理、医学检验学、医学影像学和药学专业。1997年受原卫生部地病司委托，开设成人高等教育脱产专科预防医学专业，面向全国招生。1984年至2022年共毕业本专科34627人,其中专科20435，专升本12361人，高起本1831人。1989年我校成为黑龙江省高等教育自学考试护理学专业唯一主考院校。1996年夜大学经原国家教委和省教委全面评估被评为办学优良学校。2006年我校被教育部评为全国成人高校招生工作先进集体，被省教育厅评为全省成人高等教育工作先进单位。2013年在教育厅全省高等学历继续教育（成人高等教育）教学工作检查过程中，我校被确定为首家示范单位。

为完善毕业后医学教育制度，更好地培养合格临床医学专门人才，我校于1996年在全省率先正式启动了住院医师规范化培训，1997年成立“哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训委员会”，相继出台了《哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训手册》《哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训方案》。1999年我校成为黑龙江省唯一获得原卫生部授权颁发《临床住院医师规范化培训合格证书》单位。2014年继续教育学院被省卫生计生委确定为黑龙江省住院医师规范化培训考试中心。2016年经省卫生计生委批复，我校将在全省率先启动专科医师规范化培训工作，为建立与住院医师规范化培训制度紧密衔接的专科医师规范化培训制度积累经验。2017年1月,为落实省卫生计生委《关于筹建黑龙江省专科医师规范化培训制度试点工作的函》（黑卫科教函﹝2017﹞2号）,学校以继续教育学院为依托成立黑龙江省专科医师规范化培训管理办公室,负责全省专科医师规范化培训的日常工作。2017年，学校附属第一医院、附属第二医院的呼吸与危重症医学、心血管病学、神经外科6个专科被批准成为国家首批专科医师规范化培训制度试点基地，目前共有在培训学员51人。

我校十分重视继续医学教育工作。从五、六十年代开始，我校开展了旨在提高基层卫生技术人员医疗水平的进修教育，为省内兄弟院校和各级医疗单位培养师资和临床医师，累计培养和培训各类卫生技术人员已达数万人次。1984年至2022年，进修教育培训合格并获得培训证书的学员共28236人。八十年代初，受原卫生厅和原省教委的委托，举办了多批专业证书班和各种短训班。九十年代开始，我校又相继开展了对各类人员的在职培训，以及国家级、省级和校级的继续医学教育项目；1996年至2022年，共举办各类继续医学教育项目4023项，培训51.24万人次。2003年，我校成立了“哈尔滨医科大学继续医学教育委员会”（同时“哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训委员会”并入该委员会），逐步建立和完善了相关规章制度。2004年我校成为中国高等教育学会继续教育分会常务理事单位。2009年继续教育学院成为中华医学会医学教育分会继续医学教育学组副组长单位。2010年开始，受省人社厅委托，我校开展了面向全省卫生专业技术人员的继续教育知识更新培训。2011年我校成为全国卫生专业技术资格考试试题开发基地。2013年省教育厅通报表扬我校非学历继续教育工作。

学校始终恪守严谨治学、质量第一的办学宗旨，为社会培养了大批医疗卫生技术人才，获得了用人单位的广泛好评，赢得了良好的社会声誉。目前，哈尔滨医科大学继续教育工作由学历教育和非学历教育并重，转向以非学历教育为主的住院医师规范化培训、专科医师规范化培训、继续医学教育、进修教育及有关非学历继续教育培训等，贯彻落实国家相关政策，面向社会按需办学，积极推进教育改革，保证并不断提高教育质量，努力成为黑龙江省的医学人才继续教育中心。