中国疾病预防控制中心地方病控制中心的前身--中国地方病防治研究中心（以下简称地病中心）是适应地方病防治工作需要，国家卫生健康委员会（原卫生部）与黑龙江省政府决定，1987年2月在哈尔滨正式组建。根据国家卫生健康委员会（原卫生部）（1986）卫地字第11号文件《关于建立中国地方病防治研究中心的通知》和1987年9月黑编（1987）132号文件规定，中国地方病防治研究中心按厅级事业单位管理。隶属黑龙江省卫生厅领导，由哈尔滨医科大学代管。1993年5月黑编（1993）72号文件规定，同意中国地方病防治研究中心增挂黑龙江省地方病防治研究中心牌子，原机构规格不变。1996年10月黑编（1996）194号文件规定，同意中国地方病防治研究中心改变隶属关系，改由哈尔滨医科大学领导。
　　2002年1月18日，国家卫生健康委员会（原卫生部）下发卫人发[2002]21号文件和2002年5月黑编（2002）77号文件规定，中国地方病防治研究中心更名为中国疾病预防控制中心地方病控制中心。更名后，机构规格、编制数额、经费渠道均不变。业务上受国家卫生健康委员会（原卫生部）和中国疾病预防控制中心直接领导。
　　2014年9月29日，根据黑龙江省机构编制委员会黑编（2014）121号文件规定，中国疾病预防控制中心地方病控制中心，挂黑龙江省地方病预防控制中心牌子，隶属于哈尔滨医科大学，公益一类，按正厅级事业单位管理。
　　地病中心承担全国地方病防治监测、科学研究、技术咨询、人才培养、健康教育、突发事件处理、信息情报、考核验收、学术交流等工作任务。设有克山病防治研究所、大骨节病防治研究所、碘缺乏病防治研究所、地氟病防治研究所、中心实验室、慢性病防治研究中心和《中华地方病学杂志》编辑部，有国家卫健委重点实验室1个、黑龙江省重点实验室1个、省高校重点实验室1个、博士点2个、博士后流动站1个。是全国地方病防治专家咨询委员会、中华医学会地方病学分会、国家卫生标准委员会地方病标准专业委员会主任委员所在单位和秘书处挂靠单位，国家卫生健康委员会（原卫生部）地方病防治专业研究生教育和继续教育基地。
　　多年来，地病中心的地方病防治研究工作取得了重大进展，在国内外首次提出了克山病营养性生物地球化学病因学说；揭示了大骨节病病因与T-2毒素的关系；在世界上首次详细描述了大骨节病的空间分布和时间分布；在国内外率先成功复制出接近人类发病特征的大鼠克汀病动物模型；长江三峡燃煤污染型氟中毒病区防治措施研究获国家科技进步二等奖；系统地研究了饮茶型氟中毒的流行特征、发病机制及除氟方法，制订了国内外首部砖茶氟含量卫生标准；克山病、大骨节病、地氟病近20年的全国监测获得了大量调查资料和科研数据，为国家制定有关地方病的政策法规、防治规划与防治策略提供了重要的科学依据；全国7次大规模的碘缺乏病监测，为我国制定碘缺乏病可持续性消除机制提供了基础数据。在2004年启动的中央补助地方公共卫生专项资金地方病防治项目实施过程中，地病中心发挥了重要的技术指导作用。协助国家卫生健康委员会（原卫生部）重点制定了《全国地方病防治规划（2004-2010年）》、《全国地方病防治“十二五”规划》和《“十三五”全国地方病防治规划》。近年来，地病中心还加强了健康教育和信息系统建设，制作了各种健康教育科普片和宣传材料；建立了地方病年报统计、重点监测和中央补助地方公共卫生专项资金地方病防治项目的数据库，这些技术举措极大地提高了我国地方病防治工作的功效。
　　由国家卫生健康委员会（原卫生部）主管、中华医学会和哈尔滨医科大学主办、地病中心承办的《中华地方病学杂志》（原中国地方病学杂志）创刊于1982年，1987年被定为中华医学会地方病学分会会刊。主要报道发生在我国对人类危害特别严重的克山病、大骨节病、碘缺乏病、地方性氟中毒、地方性砷中毒和鼠疫、布鲁菌病、流行性出血热、寄生虫病等，这些内容都具有鲜明的中国特色。《中华地方病学杂志》自创刊以来发表了大量“973”“863”计划，国家自然科学基金和省部级各类基金资助论文，受到了作者和读者的广泛欢迎。2004年获“卫生部首届医药卫生优秀期刊奖一等奖”，2005年获“中华医学会优秀期刊一等奖”和“黑龙江省期刊精品工程奖”，2008年获“中华医学会优秀期刊二等奖”，2010、2015年获“中华医学会优秀期刊”，2011年获得“科技部第二届中国精品科技期刊奖”。2013年获国家卫生计生委首届优秀期刊，2019年获“中华医学会杂志社管理优秀奖”“中华医学会杂志社期刊进步奖”。《中华地方病学杂志》从1992年起，被列为中国自然科学核心期刊，中国科技论文统计源期刊，中国科学引文数据库源期刊，中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，预防医学、卫生学类中文核心期刊，中国生物医学核心期刊。2009-2012年获RCCSE中国权威、核心科技学术期刊，连续8次入选中文核心期刊（北大核心期刊要目总览），被万方数据、美国《化学文摘》、荷兰《医学文摘》、俄罗斯《文摘杂志》、美国《剑桥科学文摘》、波兰《哥白尼文摘》等数据库收录。
　　地病中心共培养博士研究生102人，硕士研究生273人，举办研究生课程班3期，专升本1期，大专班3期，专业证书班2期，地方病各种培训班75期。
　　地病中心自1987年以来，共完成国家和部委级课题及项目215项，获国家及省部级以上科研成果奖44项；目前颁布现行的地方病卫生标准由地病中心牵头制定的共有21项；出版专著31部，发表论文1350余篇；开展了广泛的学术交流与国际合作，先后同美国、瑞典、加拿大、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家和地区的10余所疾病预防与科研机构建立了良好的学术交流与合作关系。
　　地病中心曾多次被国家及黑龙江省评为地方病防治先进集体。