人文社会科学学院是直属校党委领导的处级教学单位，有着悠久的历史。1949年4月，哈尔滨医科大学即设立了社会科学系。2002年9月，社会科学教研部与德育教研室合并，命名为人文社会科学系，同时开设法学专业并招生。2008年6月，改名为人文社会科学学院。2012年，外语部（含英日俄三个教研室）划归到人文社会科学学院。

  人文社会科学学院下设11个教研室（医学伦理学、医学社会学、法学、英语、俄语、日语、对外汉语、药事管理学、医学史学、生涯规划与就业指导教研室、美育，其中法学为专业教研室）、综合办公室、教务科、学科建设与科研科、学生工作办公室（团委）和医学伦理学研究所。同时拥有卫生部俄语培训中心、教育部医学人文素质培训基地、黑龙江省卓越法治人才教育培养基地。学院现有教职员工74人，其中教授18人，副教授27人，讲师18人，助教9人。研究员1人，专职辅导员3人，技师1人。承担全校博士生、硕士生、长学制、留学生、本科生等法学、医学伦理学、医学沟通学、医学社会学、医学英语等多轨道、多学科的教育教学和科研任务。近五年，学院年均授课量逾13000学时。