中国疾病预防控制中心地方病控制中心克山病防治研究所的前身为成立于1964年4月的哈尔滨医科大学克山病研究室。我国已故心血管病和克山病专家、哈尔滨医科大学名誉校长、中国工程院院士于维汉教授担任第一任所长。1978年9月扩建为黑龙江省克山病研究所，同名为哈尔滨医科大学克山病研究所。1987年2月改为中国地方病防治研究中心克山病研究所，2002年6月更名为中国疾病预防控制中心地方病控制中心克山病防治研究所。

研究所建立50多年来，始终把病区人民的身体健康放在首位，制定并落实克山病各项防治措施，积极推进克山病控制和消除工作，逐步发展成为一个集科研、防控、监测及教学于一身，研究方向明确，专业设置合理，科研实力雄厚的专业研究机构。研究所目前设有防治研究室、基础研究室及行政办公室等科室，是哈尔滨医科大学流行病与卫生统计学博士及硕士学位授予点。现有博士研究生导师4人，硕士研究生导师2人，已陆续培养出一百余名优秀的博士和硕士毕业生。

在急型克山病的高发年代，于维汉院士等老一代克山病专家有十几个春节在病区现场度过。在各地医务人员的配合下，对全国15个病区省（区）的170个县（市）进行了现场调查，总数达60多万人，抢救医治6000多位重危病人。通过大量的流行病学调查，首次阐述了克山病的时间、空间及人群的流行特点；提出了全国统一的分型、诊断、病情监测及病区划定标准；提出的亚冬眠适当补液扩容治疗急型克山病，大幅度提高了临床治愈率；建立家庭病床并予以生活指导，口服洋地黄及利尿药物使慢型、亚急型克山病的死亡率大幅度下降；在现场强化大豆及其制品，取得明显的预防效果，为营养性生物地球化学病因学说提供科学依据。1984-1986年主持的云南楚雄综合考察，取得突破性进展；三维超声的研制与临床应用，处于国内领先水平；于维汉院士关于中国菽文化与克山病关系的研究及关于克山病是一种生活习惯病的论述进一步开拓了病因学研究的新思路；在克山病实验动物模型的复制及阻断机理研究，在生物病因中肠道病毒中柯萨奇B组病毒与克山病关系的研究方面均处于国内领先水平。

研究所充分发挥中心研究所的职能作用，组织、指导、协调全国十六个省（区）开展克山病病情监测，为克山病的防治提供科学依据。2004年起，在中央补助地方公共卫生专项资金地方病防治项目的支持下，克山病防治工作，在原有的病情监测的基础上，先后增加了重点病区补硒项目，以及慢型克山病病人治疗项目。监测覆盖面不断扩大，防治病区群众受益良多，及时和动态地掌握了我国克山病病情，在科学指导克山病防治、制定和调整防治策略等方面起到了重要的作用。