哈尔滨医科大学基础医学院，在发展初期，前身设置有解剖学系、组织胚胎学系、生理药理学系、病理学系、微生物学系、卫生学系、生物化学学系、俄文学系等八个学系。1954年经中华人民共和国卫生部批准成立基础医学部。1992年，基础医学部改建制成立哈尔滨医科大学基础医学学院。

学院现有一级学科博士点2个、二级学科博士点11个、二级学科硕士点12个、5个自主设置二级学科博士点；博士后流动站2个。省级重点学科10个，省级双一流建设学科（生物学）1个。教育部重点实验室（中国遗传资源保护与疾病防控重点实验室）1个，省级重点实验室3个，省普通高校重点实验室3个，省工程技术中心1个。教育部一流本科“双万计划”专业（基础医学）1个，省级重点专业（基础医学）1个。教研室15个，实验教学中心5个，国家实验教学示范中心及虚拟实验教学示范中心各1个。国家地方联合工程中心1个，中俄结核病联合研究中心1个，中俄感染与免疫研究所1个，伍连德研究所和黑龙江省基础医学研究所设在学院。

学院在岗教职工343人，教师275人（医学专业255人），其中，教授78人，副教授103人；具有博士学位教师占80%（医学学科博士学位教师215人占84.31%），具有硕士学位教师占16%；45岁以下教师193人占70.18%。在岗博士生导师25名、硕士生导师63名。现有中国工程院院士1名，教育部长江学者特聘教授1名，柔性引进长江学者1名，国家杰出青年基金获得者1名，中组部国家高层次人才特殊支持计划领军人才2名。国家级教学名师1名，全国优秀教师1名，国务院政府特殊津贴专家4名，省级教学名师4名，省级优秀教师7名，省“三育人”先进个人2名，龙江学者特聘教授6名，国家卫计委中青年专家3名，省杰出青年基金获得者5名，省级优秀中青年专家3名，省卫生系统突出贡献专家5名，引进长江学者1名。现有国家级优秀教学团队1个，国家级科技创新团队1个，省级优秀教学团队2个，省“双一流”建设学科1个，省级优秀研究生导师团队2个，省科技创新团队2个，省高等学校优秀科研创新团队3个，省领军人才梯队8个，哈尔滨医科大学跨学科团队2个。国家级资质司法鉴定中心1个。

学院领导

金  焰 校党委副书记兼院党委书记

周  钦 副校长兼院长

高  旭 基础医学研究所所长

李  辉 伍连德书院常务副院长兼院党委副书记

朱骥伟 副院长

李晓波 副院长

曹  博 副院长

杨慧科 副院长